■ すべての生化学者に、スーパーコンピュータを.
計算機と生物学。一見、全く異なる分野に聞こえるかもしれません。 ところが最近、この2分野は切っても切り離せない関係にあります。なぜでしょう？たとえば細胞内の代謝反応や、遺伝子配列の解析。近年の生物学が解明すべき問題は、大規模でかつ複雑です。 その計算量は人間の力ではとても及ばず、コンピュータによるシミュレーションが必要になります。 シミュレータはただ計算を速くこなしてくれるばかりでなく、実験が困難な条件下での現象も予測でき、 生化学解明の可能性を広げてくれるのです。
しかし、これらの数値計算を一般のPCで実行しようとすると、莫大な時間がかかります。通常は、PCを何台も接続した クラスタコンピュータで並列処理を行いますが、この方法では消費電力・コスト・設置規模などの点から、 研究者個人の計算資源としては適切でありません。 もちろん高速な専用ハードウェアを作ることも可能ですが、今度は柔軟性に欠けてしまい、応用できる範囲が非常に狭くなります。
我々はこれらの問題を解決すべく、高速かつ柔軟に計算を行うシステムとして、 FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiP (REconfiguarable Cell SImulation Platform) を開発しています。
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