■ プロジェクト
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[ 生化学シミュレーション班 ]
- 細胞内代謝系モデル(解析モデル)のシミュレーション高速化 ( 2002年 - )
生化学シミュレーションにおける解析モデルとは, 微分方程式を利用して生化学システムの挙動を記述する方法で、科学技術計算の分野で古くから幅広く用いられています。 解析モデルによるシミュレーションを高速化するため、その反応系全体の計算が速くなるように回路を組み合わせることで最適なハードウェアを自動生成し、高速化を図っています。
- 確率モデルを用いた化学反応シミュレーションの高速化 ( 2003年 - )
確率モデルシミュレーションは，生化学システムを正確にシミュレーションできるアルゴリズムです．計算自体は非常に単純ですが，実用的な結果を得るには，膨大な計算を繰り返す必要があります．計算時間を短縮するため，FPGA のようなリコンフィギャラブルシステムを使って，高速な計算を試みています．計算に関わるコストを節約しつつ，ハイパフォーマンスな環境を提供できるリコンフィギャラブルシステムを用いた科学技術計算の可能性を探っています．
- SBML処理系の構築 ( 2004年9月 - )
開発中のシミュレータ を、SBMLで記述された反応系のに合わせて自動的に回路を構築するシステムを研究、開発しています． SBMLを使い，生物学の研究者が容易にReCSiPを利用できる環境を提供することが目的です．
- FPGAによる相同性検索の高速化 ( 2006年9月 - )
- 研究内容の詳細
- 商用ボードを用いたディペンダブルシステム構築 ( 2006年9月 - )
ディペンダビリティとは、信頼性や安全性など、人が安心して使えるシステム構築のために欠かせない要件です。近年では、一般に高速化のために使う計算資源を信頼性を高める冗長設計等に用いたり、生化学システムの持つ柔軟性に倣ったアプローチに関する研究も盛んです。このような信頼性設計の手法を新たに考案し、柔軟性や効率性を高め、商用アクセラレータボード等で評価する研究を、今年9月より行っています。
■ 旧プロジェクト
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[ 信号処理班 ]
- 線虫の細胞系譜構築システム
FPGA上に細胞画像に特殊な処理を施すフィルタを実装し, その協調処理に必要となるシステムの開発などを行いました.