■ 論文
- 長名 保範 ほか,
FPGAを用いた汎用生化学シミュレータ ReCSiP.
電子情報通信学会論文誌D, J89-D(6), pp.1163-1172,
Jun.2006.
- Yasunori Osana et al., An FPGA-Based Acceleration
Method for Metabolic Simulation, In IEICE Trans. on
Information and Systems, Vol. E87-D, No. 8, pp.2029
-2037, Aug.2004.
■ 国際会議
◇ 2006年 ◇
- Iwaoka, Y., et al.,
An Acceleration of a Biochemical Simulator on
Programmable Hardware. Paper presented at the The
Seventh International Conference on Systems
Biology (ICSB2006), Yokohama, Japan, 2006.
- Masato Yoshimi, et al.,
An FPGA Implementation of High Throughput Stochastic
Simulator for Large-Scale Biochemical Systems. Paper
presented at the The 16th International Conference
on Field Programmable Logic and Applications
(FPL'06), Madrid, Spain, pp.227-232, Aug, 2006.
- Yasunori Osana, et al.,
Performance Evaluation of an FPGA-Based
Biochemical Simulator ReCSiP. Paper presented at the
The 16th International Conference on Field
Programmable Logic and Applications (FPL'06),
Madrid, Spain, pp.845-850, Aug, 2006.
- Tomotaka Miyashiro, Akira Kitamura, Masato
Yoshimi, Hideharu Amano,
Hironori Nakajyo & Noboru Tanabe,
DIMMNET-2: A Reconfigurable Board
Connected into a Memory Slot. Paper
presented at the The 16th International
Conference on Field Programmable Logic and
Applications (FPL'06).
- Daihan Wang, Hiroki Matsutani, Masato Yoshimi,
Hideharu Amano,
& Michihiro Koibuchi, A Parametric
Study of Scalable Interconnects on
FPGAs. Paper presented at the
Proceedings of the 2006
International Conference on
Engineering of Reconfigurable
Systems and Algorithms (ERSA'06).
- Yuri Nishikawa, et al.,
An Evaluation and Investigation of Dual-Thread
Numerical Integration Mechanism for FPGA-based
Biochemical Simulator ReCSiP. Paper presented at the
Coolchips IX.
◇ 2005年 ◇
- Masato Yoshimi, et al.,
The Design
of Scalable Stochastic Biochemical Simulator on
FPGA. Paper presented at the 2005 IEEE International
Conference on Field Programmable Technology(FPT'05).
- Yasunori Osana, et al., A
Framework for ODE-Based Multimodel Biochemical
Simulations on an FPGA. Paper presented at the
Proccedings of the 15th Field Programmable Logic and
its applications(FPL) 2005, Tampere, Finland.
- Iwanaga, N., Shibata, Y., Masato Yoshimi, Osana,
Y., Iwaoka, Y., & Fukushima, T., et
al. (2005). Efficient Scheduling of Rate Law
Functions for ODE-based Multimodel Biochemical
Simulation on an FPGA. Paper presented at the
Proccedings of the 15th Field Programmable Logic and
its applications(FPL) 2005, Tampere, Finland.
- Yasunori Osana, et al., An
FPGA-Based, Multi-model Simulation Method for
Biochemical Systems. Paper presented at the
Proccedings of the 19th International Parallel and
Distributed Processing Symposium Reconfigurable
Architecture Workshop, Denver, Colorado, USA.
◇ 2004年 ◇
- Masato Yoshimi et al., Stochastic Simulation
for Biochemical Reactions on FPGA, In Proc. of
14th International Conference on Field Programmable
Logic and Applications (Springer LNCS vol.3203),
pp.105-114, Aug.2004.
- Yasunori Osana et al., ReCSiP: a ReConfigurable
Cell SImulation Platform - Accelerating Biological
Applications with FPGA -, In Proc. of ASP-DAC '04,
pp.731-733, Jan.2004.
- Masato Yoshimi, et al.,
Implementation and Evaluation of
Stochastic Simulation of Chemical Reaction Model on
FPGA. Paper presented at the Coolchips VII.
◇ 2003年 ◇
- Yasunori Osana et al., Implementation of ReCSiP:
A ReConfigurable Cell SImulation Platform, In Proc.
of 13th International Conference on Field
Programmable Logic and Applications (Springer LNCS
vol.2778), pp.766-775, Sep.2003.
■ 研究会
◇ 2006年 ◇
- Wang,D., Matsutani,H., Yoshimi,M., M.,Koibuchi &
Amano,H., A Parametric Study of Packet-Swtched FPGA
Overlay Networks, リコンフィギャラブルシステム研究会
(RECONF2006-32), 電子情報通信学会, 2006.
- 吉見 真聡ほか, FPGAを用いた確率モデル生化学シミュレー
タ, 先進計算基盤システムシンポジウムSACSIS2006論文集
No.5, 情報処理学会, 2006.
- 小嶋 利紀ほか, FPGAボードにおける汎用ホストイン
ターフェイスの実装と評価, リコンフィギャラブルシステ
ム研究会 (RECONF), 電子情報通信学会, 2006.
- 長名 保範ほか, FPGAを用いた生化学シミュレータ
ReCSiPにおけるハードウェアリソース消費に関する考察,
第123回システムLSI設計技術 (SLDM) 研究会 No.107,
電子情報通信学会, 2006.
- 吉見 真聡ほか, データ転送網を用いた確率モデル生
化学シミュレータのFPGAへの実装の検討, 第123回システ
ムLSI設計技術(SLDM)研究会 No.105, 電子情報通信学会,
2006.
- 西川 由理ほか, 生化学シミュレータReCSiPにおける
数値積分機構の性能改善手法
第123回システムLSI設計技術 (SLDM) 研究会 No.107,
電子情報通信学会, 2006.
◇ 2005年 ◇
-
Yasunori Osana,
"CellDesigner-SBML Layout Annotation Converter."
The 10th Workshop on Software Platforms for Systems Biology.
Boston, Massachusetts, USA.
Oct.2005.
-
Yow Iwaoka, et al.,
"A System Design of Accelerating Biochemical Simulations
on Programmable Hardware.",
The 10th Workshop on Software Platforms for Systems Biology.
Boston, Massachusetts. Oct.2005.
- 吉見 真聡ほか, ヒープ木を用いた確率モデル生化学
シミュレータのFPGAへの実装, RECONF2005 No.9, 電子情
報通信学会, 2005.
- 長名 保範ほか, 可変構造型デバイスを用いた神経回
路網シミュレータの実現に関する検討 (ARC158 No.18),
情報処理学会, Nov.2005.
- 長名 保範ほか, FPGAを用いた生化学シミュレータ
ReCSiPのシミュレーション制御機構 (RECONF2005-No.39),
電子情報通信学会, Sep.2005.
- 岩岡 洋ほか, FPGAを用いた生化学シミュレータ向け
SBML処理系の構築 (RECONF2005 No.40), 電子情報通信学
会, Sep.2005.
- 岩永 直樹ほか, FPGAを用いた生化学シミュレータに
おける反応速度関数スケジューリングに関する検討
RECONF2005 No.8, 電子情報通信学会, May.2005.
- 吉見 真聡ほか, FPGAを用いた科学技術計算機向け
浮動小数点算術演算器の設計, 第26回研究会 No.1-7, パ
ルテノン研究会, May.2005.
-
長名 保範 ほか,
"FPGA を用いた生化学シミュレータ ReCSiP
向けの数値積分機構の実装と評価."
電子情報通信学会.
RECONF2005-7.
May.2005.
-
岩岡 洋 ほか,
"SBML対応細胞シミュレータ環境の構築."
情報処理学会.
VLD2004-109.
Jan.2005.
◇ 2004年 ◇
-
長名 保範 ほか,
"FPGAを用いた細胞内代謝系のマルチモデルシミュレーショ ン."
電子情報通信学会.
第4回リコンフィギャラブルシステム研究会-8.
Sep.2004.
- 吉見 真聡ほか, 確率モデルを用いた化学反応シミュレー
ションのFPGAによる高速化, 第4回リコンフィギャラブル
システム研究会 No.33, 電子情報通信学会, Sep.2004.
◇ 2003年 ◇
-
福島 知紀 ほか,
"細胞系譜構築システムのFPGA利用による高速化."
電子情報通信学会.
第2回リコンフィギャラブルシステム研究会-14.
Nov.2003.
-
長名 保範 ほか
"FPGAによる細胞内代謝系のシミュレーション."
電子情報通信学会.
第1回リコンフィギャラブルシステム研究会-7.
Sep.2003.
-
長名 保範 ほか,
"FPGAを用いた細胞シミュレーションシステムの構築."
電子情報通信学会.
CPSY2002-93.
Jan.2003.
◇ 2002年 ◇
- 長名 保範ほか, Reconfigurable Hardwareによる細胞
シミュレータの高速化手法, 情報処理学会 情処研報
ARC2002,May.2002
- 田村 友紀ほか, 細胞系譜構築システムの
Reconfigurable Systemによる高速化, 電子情報通信学会
信学技報 VLD2001-122, 2002年1月