実際に作った並列計算機を動かすには，最低限OSやコンパイラが必要なわけですが，その計算機の性能を測定して評価するには，やはりちゃんとしたアプリケーションが必要になります．
アプリケーションを開発する ＝ プログラミングをするわけですが，並列計算機におけるプログラミングでは，「プログラムのいかに多くの部分を並列に動作させるか」ということが高速化の鍵となります． 天野研究室で開発している並列計算機はどれも独自のハードウェア構成を持っているので，その特徴を考慮に入れながら，高速に並列実行できるアルゴリズムを考えてアプリケーションの実装を行っていきます．
現在，PDARCHグループでは，PC/WS結合用高速ネットワークRHiNETの研究・開発を行っています． SEDグループでは，RHiNETの評価用アプリケーションを実装しています． 具体的には，デモンストレーションに用いるレイトレーシングや，LU分解法，高速フーリエ変換 (FFT)，ラディックス・ソートなどのベンチマークプログラムの実装を行っています．