■ ReCSiP とは
FPGA (Field Programmable Gate Array) というリコンフィギャラブルデバイスの特徴を生かした、 生体内反応機構のシミュレータです。ReCSiPには
ReCSiP2 Board. 中心部の「Virtex-II」と書かれたチップがXilinx社のFPGA(XC2VP70).
これに加え、同時アクセス可能なQDR-SRAMおよび大容量DDR-SDRAMのSO-DIMMソケットを持つ。
FDK社の乱数生成専用チップも搭載。
FPGA (Field Programmable Gate Array) というリコンフィギャラブルデバイスの特徴を生かした、 生体内反応機構のシミュレータです。ReCSiPには
- 反応速度式のソルバ
- 数値積分モジュール
これに加え、同時アクセス可能なQDR-SRAMおよび大容量DDR-SDRAMのSO-DIMMソケットを持つ。
FDK社の乱数生成専用チップも搭載。
■ FPGA を用いる理由
一般的なLSIは、回路情報を変更することができません。 もちろん、ある特定の細胞モデル専用のハードウェアを設計する場合にはこのようなチップでも対応できます。 しかし様々な細胞のシミュレーションを行うには、モデル毎にハードウェアを用意せねばならず、 それには大きなコストがかかります。
一方、チップ内部の回路を書き換えられる FPGAを用いれば、 それぞれの細胞モデルに最適な回路を生成することができます。 FPGAを搭載することで、ReCSiPは ハードウェアのもたらす高速性とソフトウェアの持つ柔軟性を兼ね備えることができます。
一般的なLSIは、回路情報を変更することができません。 もちろん、ある特定の細胞モデル専用のハードウェアを設計する場合にはこのようなチップでも対応できます。 しかし様々な細胞のシミュレーションを行うには、モデル毎にハードウェアを用意せねばならず、 それには大きなコストがかかります。
一方、チップ内部の回路を書き換えられる FPGAを用いれば、 それぞれの細胞モデルに最適な回路を生成することができます。 FPGAを搭載することで、ReCSiPは ハードウェアのもたらす高速性とソフトウェアの持つ柔軟性を兼ね備えることができます。